Girona és una ciutat amb uns entorns molt rics en patrimoni natural: Per una banda, disposa de molts cursos fluvials, rius i rieres (Ter, Onyar, Güell, Galligans…) i zones humides amb una gran diversitat paisagística, ecològica, botànica i faunística.

Desgraciadament, els rius de Girona han estat molt castigat per la gent, siguent contaminats cada cert temps i destruint l'ecosistema evocant residus tòxics i nocius. Un exemple molt clar és el Ter, que fa poc va patir una forta contaminació en que van morir la gran part del seu ecosistema: llúdrigues, carpes, crancs, algues i alguns ànecs es van veure afectats.

Ter: Neix a Ulldeter, en els Pirineus Orientals, té un recorregut de 209 quilòmetres. Baixa pels abruptes relleus pirenaics fins a Camprodon, després travessa la Serra Caballera , pren la direcció Sud-Oest; i discorre des de Sant Pau de Segúries fins a Ripoll. Passa per Sant Quirze de Besora i segueix, a partir d'aquí, una direcció Nord-Sud. Origina uns amples meandres en les margues toves eocèniques, a la plana de Vic. Entre Sant Hipòlit de Voltregà i Manlleu gira bruscament cap a l'Est per dirigir-se cap a l'Empordà a través de la gola epigènica del massís de les Guilleries. En aquest tram es troben els embassaments de Sau (177 milions de m3) del que es deriva aigua per l'abastament de Barcelona, el de Susqueda (233 milions de m3) i el del Pasteral (2 milions de m3) a la sortida de la gola. Entra a la comarca del Gironès i passa per Girona, la qual li deu bona part de les seves inundacions. Pren la direcció Sur-Nord, s'encaixa de nou a Sant Julià de Ramis i finalment entra en el Baix Empordà en direcció Oest-Est per desembocar finalment a Torroella de Montgrí.

Güell : Afluent en el marge esquerre del riu Onyar, que desemboca a Girona, procedent d'Aiguaviva i rega el pla de Santa Eugènia, Salt, etc.

Galligants : Afluent del marge dret del riu Onyar, que neix a les carenes septentrionals de les Gavarres. Desemboca en el col·lector a Girona, entre la Força Vella i el monestir de Sant Pere de Galligants, prop del lloc on s'ajunten el riu Ter i l'Onyar. Rega la vall de Sant Daniel.

Onyar : Creua la ciutat de Girona de Nord a Sud, que la divideix en dues parts desiguals, la major de les quals, la més antiga, està a la riba dreta; i la menor, la més moderna, en continu creixement, situada tota en el pla i en el mencionat Mercadal, a la riba esquerra. L'Onyar recull dins de Girona, les aigües que provenen de la sèquia Monar o Condal, que provenen del Ter, que travessa el Mercadal i regava els horts que hi havia. Més al Nord s'hi uneixen les aigües del Güell al costat del Ferrocarril, i quasi enfront de la seva confluència amb aquest s'hi uneixen les del Galligans. A uns 300 metres , l'Onyar desemboca en el Ter, en el Barri de Pedret. Les inundacions de l'Onyar han fet molts estralls a la ciutat. S'ha procurat defensar-se dels seus perills i per altra part també embellir-lo. La Divisió Hidràulica del Pirineu Oriental, a petició de l'Ajuntament, va proposar quatre solucions basades en la desviació del curs del riu i del seu recorregut. Al final es va aprovar el projecte consistent en la construcció de sòlids murs laterals, les superfícies superiors dels quals van donar lloc a dues noves vies urbanes. Aquest projecte va ser considerat com el més econòmic i que, a més a més, no privava a Girona de la gràcia i l'encant que té sempre una via fluvial.