Els ecosistemes són sistemes complexos com el bosc, el riu o el llac, formats per una trama d'elements físics (el biòtop) i biològics (la biocenosi o comunitat d'organismes).

L'ecosistema és el nivell d'organització de la naturalesa que interessa a l'ecologia. En la naturalesa els àtoms estan organitzats en molècules i aquestes en cèl·lules. Les cèl·lules formen teixits i aquests òrgans que es reuneixen en sistemes, com el digestiu o el circulatori. Un organisme viu està format per diversos sistemes anatòmic-fisiològics íntimament units entre si.