Requeriments Comandaments de les molècules
Recursos Bibliografia i enllaços d'interés
|
Aquesta pàgina conté uns elements que no poden ser reproduïts pels navegadors. Concretament els arxius de coordenades moleculars que generen les molècules actives no són interpretables ni per Internet Explorer ni per Netscape Navigator. Així, doncs, cal utilitzar un programa que amplifica les capacitats de l'ordinador i que es coneix amb el terme plug-in. Una vegada descarregat i instal·lat, la part de la pàgina web que no es podia reproduir ara ja és interpretable pel navegador i podem visualitzar-lo correctament.
Chemscape Chime (que denominarem Chime) és un plug-in de lliure distribució per als navegadors Netscape Navigator i Internet Explorer que compleix aquesta funció. Chime pot llegir diferents formats d'arxius de coordenades moleculars com .pdb, Molfile (.mol), Xmol (.xyz), RASMol Script (.scr, .spt), entre d'altres.
Per instal·lar-lo el primer que hem de fer és anar a la pàgina http://www.mdli.com i seguir els enllaços download. Una vegada omplerta una fitxa de registre ja es pot baixar l'arxiu i copiar-lo en un directori del nostre disc. El programa té una grandària de 3 Mb (la darrera versió) i un cop descarregat només cal executar-lo i seguir les pantalles d'instal·lació.
Una vegada instal·lat ha de ser visible la molècula rotatòria de la part superior esquerra d'aquesta pàgina.
Hi ha tota una sèrie de comandaments que permeten manipular les molècules i que es poden consultar a la secció Comandaments que segueix a continuació.
Informació extreta de :
Alambique Didáctica de las Ciencias Experimentales/pp 69-71/ n.30/octubre 2001
Hi ha dos tipus de comandaments que ens permeten la manipulació de les molècules: els que es poden executar directament amb el ratolí i els que estan disponibles en un menú contextual que s'activa prement el botó dret del ratolí (en ambdós casos amb el punter situat a la finestra de la molècula).
- Comandaments executables directament amb el ratolí.
- Gir
- Desplaçament
- Canvi de grandària (zoom)
- Gir sobre un eix perpendicular a la pantalla
- Botó esquerre i arrossegar
- Ctrl+botó dret i arrossegar
- Majúscules+botó esquerre i arrossegar
- Majúscules+botó dret i arrossegar
- Botó i arrossegar
- Comand. i arrossegar
- Majúscules i arrossegar
- Majúscules-Comand.
- Comandaments del menú contextual
Amb el punter dins la finestra de la molècula prémer el botó dret del ratolí. Algunes de les opcions disponibles són:
- File: Guarda l'arxiu molecular al disc dur.
- Edit: Per capturar la molècula i passar-la al portapapers. Posteriorment podrem enganxar-la en un programa de gràfics o en el processador de texts com una imatge estàtica.
- 2D Rendering/3D Rendering: Alterna entre una presentació tridimensional i una bidimensional corresponent a l'orientació que tingui la molècula a l'espai en aquest moment.
- Rotation: Fa que la molècula giri de manera continuada.
- Display : Visualitza diferents models moleculars: el de filferro (Wireframe), barretes (Sticks), boles i barretes (Ball&Stick) i el model d'esferes sòlides o d'ocupació en l'espai (Spacefill)
- Options: Permet múltiples manipulacions de la representació molecular. Moltes d'elles són útils per a macromolècules com proteïnes o àcids nucleics. Les cinc primeres opcions permeten amagar o mostrar alguns elements de la molècula; així, Display Hydrogens, ho fa amb els hidrògens; Display Wireframe Double Bonds permet mostrar els dobles enllaços com a tals o com enllaços simples.
- Color: Ofereix diferents opcions de color.
- Sculpt Mode: Permet la rotació dels enllaços senzills de la molècula.
- Select: Permet seleccionar la molècula o alguna de les seves parts per aplicar-li posteriorment algun tipus de canvi.
Informació extreta de :
Alambique Didáctica de las Ciencias Experimentales/pp 71-72/ n.30/octubre 2001
Existeixen a Internet bases de dades com Brookhaven Protein Databank (http://www.rcsb.org/pdb/index.html) i nombroses pàgines on es troben arxius de coordenades moleculars que es poden capturar i utilitzar en les nostres aplicacions (sempre que tinguem instal·lat el plug-in Chime). La majoria de molècules emprades en aquesta pàgina han estat obtingudes de http://people.ouc.bc.ca/woodcock/molecule/molecule.html) .
ADN (fragment)
(Font: Brookhaven Protein Databank)Una altra possibilitat és crear les nostres pròpies molècules. A la pàgina http://www.cmbi.kun.nl/wetche/organic/mopjob.html es troba un editor de molècules actives de molt fàcil utilització i que funciona perfectament amb Netscape Navigator (no així amb Internet Explorer). No l'he utilitzat perquè els arxius moleculars que produeix amb format .mol no m'han funcionat bé en penjar la pàgina a Internet.
Un altre editor de fàcil utilització es troba a
http://www2.chemie.uni-erlangen.de/software/corina/free_struct.htmlLes molècules creades amb l'anterior editor o les obtingudes d'aquesta o d'altres pàgines es poden capturar i visualitzar amb major detall amb un programa-visor adequat com Rasmol. És un programa de lliure distribució que es pot baixar des de la secció visors de la pàgina http://personal5.iddeo.es/pefeco/index.html. En aquesta pàgina es troben també molts altres materials útils per a l'ensenyament de la Química.
Un altre programa molt útil de disseny molecular per escriure fórmules planes de compostos orgànics és Chemsketch.Com els anteriors, es tracta d'un programa de lliure disposició i que es pot descarregar des de la pàgina anterior o de http://www.acdlabs.com/download/chemsk.html. Aquest programa permet també obtenir el model tridimensional de la molècula encara que amb menys possibilitats de manipulació.
BIBLIOGRAFIA I ENLLAÇOS D'INTERÈS
Alambique Didáctica de las Ciencias Experimentales/pp 69-72/ n.30/octubre 2001
Descàrrega del plug-in Chime:
http://www.mdli.comPàgines on obtenir molècules actives:
http://www.rcsb.org/pdb/index.html
http://people.ouc.bc.ca/woodcock/molecule/molecule.html
Editors de molècules :
http://www.cmbi.kun.nl/wetche/organic/mopjob.html
http://www2.chemie.uni-erlangen.de/software/corina/free_struct.html
Visor per a l'observació i estudi de les molècules (i altres materials d'interès en Química):
http://personal5.ideo.es/pefeco/vismol.html
Programa per a l'escriptura de fórmules de compostos orgànics:
http://www.acdlabs.com/download/chemsk.html
